MIMIC est une base de données hospitalières de réanimation largement utilisée pour la recherche en santé. Ses données sont riches, mais leur structure originale peut être complexe à exploiter et à mettre en relation avec d'autres sources.
Pour le datathon, les données MIMIC-IV sont disponibles au format OMOP CDM (Common Data Model) : un modèle de données standardisé qui facilite l'interrogation, l'analyse et la réutilisation des données de santé avec des outils communs.
Contenu
Les données de MIMIC-IV converties dans le modèle commun OMOP.
Les principales informations cliniques et administratives disponibles dans MIMIC-IV, organisées selon la structure du modèle OMOP.
Les concepts et vocabulaires standardisés utilisés par OMOP pour représenter les informations de santé.
À quoi sert ce jeu de données ?
- À découvrir et interroger des données hospitalières dans un modèle de données standardisé.
- À construire des cohortes et tester des requêtes reproductibles.
- À développer et évaluer des méthodes d'analyse statistique, d'apprentissage automatique ou d'IA.
- À expérimenter des outils conçus pour fonctionner sur le modèle OMOP et potentiellement réutilisables sur d'autres bases de données.
Accès
Les données seront disponibles dans l'environnement du datathon sur LibreDataHub, dans le respect des conditions d'accès et d'utilisation de MIMIC.
- Données d'origine : PhysioNet – MIMIC-IV
- Modèle de données : OHDSI – OMOP Common Data Model
- Présentation de MIMIC-IV
Points d'attention
Le format OMOP standardise la structure des données, mais ne supprime pas les spécificités de la base MIMIC-IV. La conversion peut notamment entraîner des choix de mapping entre les concepts du modèle source et les concepts OMOP.
Les données MIMIC-IV sont des données rétrospectives dé-identifiées. Leur utilisation reste soumise aux conditions d'accès et aux règles d'utilisation définies par PhysioNet. Les participant·es souhaitant travailler sur l’intégralité du jeu de données peuvent d’ores et déjà [anticiper les démarches administratives nécessaires pour y accéder]((https://linkr.interhop.org/resources/mimic/#acc%C3%A9der-aux-donn%C3%A9es-compl%C3%A8tes).